80. Así parece del informe dado en 1523 por Rasinas, Egas y la Zarza que copia Ceán Bermúdez, y de una nota puesta por Juan Gil en uno de sus planes acerca de la altura de la nave mayor �conforme, dice, a lo que agora está acordado con Juan de Álava y Alonso de Covarrubias�). Dicho plan consistía en un alzado de la fachada de la puerta del perdón o principal, que vio Ceán Bermúdez con otro de las tres naves de la iglesia.
81. Está en la indicada esquina mirando al norte, así como la de la inauguración al poniente: Pio IIII papa, Philippo II rege, Francisco Manrico de Lara episcopo, ex vetere ad hoc templum facta translatio XXV mart. anno a Christo nato MDLX.
82. Hállanse indicadas tales dudasen su mismo dictamen: �Item determinaron que tenga la nave mayor ciento diez pies en alto; item que las naves colaterales tengan de alto setenta pies o setenta y cinco, no se faciendo la altura de la obra.�
83. No consta que por librarse de la confusión de opiniones el prelado y cabildo remitiesen las trazas al católico rey Filipo, como escribe Dávila, para que con sus arquitectos declarase lo más acertado, ni que el rey decidiera la cuestión a favor del plan antiguo conforme al dictamen de Ribero. Nada sin embargo tendría de inverosímil atendida la verdadera ilustración de Felipe II en materias arquitectónicas, superior al exclusivismo de Herrera.
84. Al margen del artículo del dictamen de 1512 que determina sea ochavada la cabeza del trascoro, que es lo que hoy llamamos trasaltar, se lee escrito de letra de Ribero: �hase cimentado en quadrado.�
85. Declararon entre otras cosas que la pared del astial o fachada, se empezase 49 pies adentro de la esquina de la torre, de suerte que quedase descubierta, y que la de la nave colateral que mira a la iglesia vieja viniese con el paño de la torre y se embebiese en ella su grueso. Por no derrotar la torre �que es una buena y singular pieza e non se podría tornar a hacer sin gran suma de maravedís,� rehusaron dar otra dirección al edificio. Y en efecto la conservación de la pequeña capilla de S. Martín, mencionada algunas páginas atrás, demuestra que la base de la torre antigua dentro de la cual está, se aprovechó en parte para la construcción de la nueva.
86. Dorado las atribuye a Berruguete, Ponz a Juan de Juní, y conjeturamos que serán las mismas que cita en su diccionario Ceán Bermúdez como existentes en el sepulcro de don Gutierre de Castro y que al deshacerse éste con la reedificación del claustro pasaron al trascoro.
87. A continuación de la lápida referente a la traslación del culto en 1560, se puso entonces en el mismo ángulo exterior esta otra: Opere vero prius dimidiato magnifice perfecto, novissima translatio facta est, Clemente XII Papa, Philippo V rege, Josepho Sancho Granado Episcopo, X augusti anno MDCCXXXIII.
88. Trae la descripción Dorado refiriéndola al secretario del cabildo en aquel año don José Calamón de la Mota, y afírmase en que se llevó a efecto en vista de varias figuras citadas en ella y que existen verdaderamente encima de los muros de la capilla mayor, conociéndose que no fueron hechas para aquel sitio; tales son la religión católica, dos angelones y los cuatro doctores de la iglesia latina. Pudieron hacerse dichas estatuas sin que llegara a realizarse el todo. No lo hubiera callado Ponz, sea para lamentar la existencia, sea para aplaudir la demolición.
89. Costó el modelo 65,311 reales, y para la ejecución se presupuestaron u millón y 156,554 reales. Existe en el archivo la curiosa correspondencia del cabildo con el arquitecto y con el conocido don Juan Antonio Melón que intervino en el asunto. Debía colocarse este tabernáculo en medio del crucero debajo del cimborio con vista a los cuatro lados.