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Secuestró los bienes de don Ramón, de don Francisco Vergara y de don Ramón Letelier por prófugos. La Junta de Secuestros de Santiago agregó los de don Anselmo de la Cruz y de don Isidro de la Cruz.
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Silva tenía antiguas desavenencias con los Cruz desde 1812.
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La Junta de Salud Pública, en noviembre de 1816, el día 22 encarceló a don José Maturana. En enero de 1817, dio su casa por cárcel «por sospechas» a don Dionisio San Cristóbal y Opazo, quien elevó una solicitud para ir a medicinarse a Panimávida. Certificó su enfermedad, el físico José Ramírez; se le concedió licencia el día 8. También tuvo por cárcel el Convento, el R. P. domínico Vicente Victorino Fuentes «por ciertos recelos que de él se tenían».
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En uno de los viajes que hizo Cruz y Burgos a Santiago, de vuelta a Talca, fue asaltado por el guerrillero Carlos Larenas, el cual sintió sólo venirlo a reconocer, después del asalto, pues si hubiera sabido que era Cruz y Burgos, el tiranuelo de Talca, con su vida habría pagado sus arbitrariedades.
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Los gastos del proceso en España iban a ser pagados por don Vicente de la Cruz y Bahamonde, quien llegó a ofrecer hasta 12.000 pesos.
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Influencia tuvo en esta decisión los alegatos de Silva, en los que se decía que los Cruz, entre 1810 y 1812 habían sido decididos patriotas. Estos cargos llenaron de ira a los Cruz.
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Había pasado a Mendoza en 1814, con el resto del ejército patriota, elegido por San Martín como emisario de la provincia de Talca. Desempeñó un papel importante, exponiendo en más de una ocasión su vida.
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También se le reunió la montonera de Neira, que entró junto con Freire a Talca. Por haber asaltado a una pobre mujer fue fusilado por sentencia del alcalde provincial don Matías Silva.
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Don Luis de la Cruz fusiló a ocho en Talca, y dos en Curicó. El Tribunal que los juzgó se compuso de don José María, de don Pedro y de don Matías Silva, quienes se mostraron inflexibles, y no dieron oídos a las súplicas del cura que decía: «No es posible quitar la vida con tanta facilidad a los hombres».
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Cruz y Bahamonde fue desterrado a San Luis. Gracias a las gestiones de sus hijas, que decían «que su padre al principio de la revolución, había sido un buen patriota, pero que los Carrera lo habían desesperado y obligado a pasarse al bando realista», y de su yerno, el patriota don Juan de Dios Castro, que pidió gracia para él, por oficio de 28 de julio de 1818, se autorizó su regreso a Chile. Su hijo don Vicente era prófugo en estos años. Zapata, don Juan Crisóstomo, fue confinado también al otro lado de los Andes; pidió volver en mayo de 1818, pero el Gobernador José Prieto informó al Director Supremo que no era conveniente su vuelta, sino después de la salida de los realistas». Antúnez, don José A., tenido por sus contemporáneos como hombre ingenuo, fue perdonado y volvió a Talca el 2 de octubre de 1817.
Armas, don Juan Antonio. Casi todo el peso de la persecución patriótica recayó sobre este ciudadano. El 22 de noviembre de 1821 decía: «Llevo tres años de prisión por una intriga secreta de mis enemigos, un año de una prisión rigurosa, arrastrando una pesada cadena; después fui confinado a San Luis, donde he permanecido dos años, destinado a trabajos públicos». O'Higgins lo indultó pudiendo volver a Talca. Pidió en 1821 carta de ciudadanía. El fiscal Agustín Vial exigió una retractación pública de sus faltas como realista, la que apareció el 14 de enero de 1822 en la Gaceta Ministerial. El 17 se le dio la carta de ciudadanía solicitada.