Como consecuencia del estado sanitario que presentaba la ciudad de Cádiz, a finales del año 1813 se decidió que las Cortes volvieran a la Isla de León.

Estas, reunidas en esta iglesia del Carmen, solamente por las noches, «para no interrumpir el culto divino diario», permanecieron en esta nueva sede desde el 14 de octubre hasta el 29 de noviembre de 1813, preparando su traslado a Madrid.

Una de sus últimas disposiciones fue el decreto de 27 de noviembre de 1813, por el que se establecía que «las Cortes, teniendo consideración a los distinguidos servicios y recomendables circunstancias de la Villa Real Isla de León, y a que en ella se instalaron las Cortes Generales y Extraordinarias, han venido en concederle título de Ciudad, con la denominación de San Fernando».