Ocupada casi toda la Península por las tropas napoleónicas, la Junta Suprema Central Gubernativa de España e Indias, refugiada en la Isla de León, determinó constituir un Consejo de Regencia, el cual recibiría de esta misma Junta Suprema toda su autoridad y poder (Real Decreto de 29 de enero de 1810).

Una orden de 16 de febrero de 1810 mandaba desalojar a la comunidad religiosa del convento de la Enseñanza de María para albergar a la Regencia del Reino, quedando convertido este edificio, por tanto, en sede del gobierno de la nación.

Tras la instalación de diversas oficinas estatales, el edificio fue ocupado también por las tropas aliadas inglesas, volviendo en 1812 la comunidad religiosa, que reinició un año después, y hasta la fecha, sus tareas educativas.