Orador sacro, missionário e diplomata. Em 1614, com sete anos, mudou-se com a família para o Brasil, estudou num Colégio Jesuíta da Bahia e, aos 15 anos, fugiu de casa para ingressar na Companhia de Jesus. Aos 18 anos, já ensinava Retórica. Desde muito cedo se teve notícias de seus triunfos como pregador. Destacou-se em 1640, quando os holandeses cercaram a cidade de Salvador e Vieira exortou os portugueses à luta com o Sermão Pelo Bom Sucesso das Armas de Portugal Contra as da Holanda.

     Com a vitória portuguesa, retornou à Lisboa, em 1641, com a missão de levar a Dom João IV, a adesão da colônia à Restauração. Conquistou a admiração do rei, que o nomeou Pregador da Corte e o encarregou de importantes missões diplomáticas no exterior. No entanto, provocou a ira do Santo Oficio ao recomendar a reabilitação dos cristãos novos e por sua luta para que o comércio com as colônias ficassem fora dos confiscos inquisitoriais. Após alguns fracassos diplomáticos, retornou ao Brasil para chefiar as missões jesuíticas, escapando dos inimigos da Inquisição.

     Como Missionário no Maranhão (1653 a 1661), viveu intensa luta política, além de seu trabalho de catequese. Combateu a escravidão dos índios e criticou os colonos. Conseguiu do rei, em 1655, em mais uma viagem à Portugal, a Lei da Liberdade dos Índios, mas quando regressou, foi expulso pelos colonos, junto a outros jesuítas, em 1661.

Novamente em Portugal, fragilizado e sem a proteção de D. João IV (morto em 1656) foi acusado de heresia, exilado para a cidade do Porto e condenado e preso pela Inquisição em 1665. Condenado a oito anos de prisão, foi anistiado em 1667 quando então seguiu para Roma, para fugir de mais perseguições e onde conquistou grande sucesso como orador sacro e foi convidado pela rainha Cristina, da Suécia, que abdicara ao seu trono e convertera-se ao catolicismo, para ser seu confessor e pregador. O Papa Clemente X livrou-o da perseguição do Santo Ofício, mas não lhe deu apoio para a criação de sua tão desejada Companhia Ultramarina Portuguesa. Em 1681, desiludido, resolveu mudar-se definitivamente para o Brasil e passou a viver em Salvador até sua morte, em 1697.