Introductiones latinae, Salamanca, 1481 [con reimpresiones sucesivas; tercera redacción, Salamanca, 1495 [conocida como Recognitio]; última edición corregida por el autor: Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, 1523]. Edición facsímil: Salamanca, Universidad, 1981, con presentación de P. Amat y proemio de E. de Bustos.

Materies grammatice, Salamanca, ¿1485? [solo se conservan dos hojas en Oxford, que pueden, no obstante, corresponder a la obra homónima de Nieto].

Repetitio secunda [De corruptis ignorantia quarundarum litterarum vocibus], Salamanca, ¿1486?

Introducciones latinas contrapuesto el romance al latín, s.l., s. n., ¿1488? Edición moderna: M. Á. Esparza Torres y V. Calvo, Münster, Nodus, 1996.

Differentiae excepte ex laurentio valla Nonio marcello & servio Honorato, Salamanca, ¿1489?

Muestra de las antigüedades de España, Burgos, Fadrique de Basilea, ¿1491? Edición moderna: González Llubera, Londres, Oxford University Press, 1926.

Epithalamium in nuptiis clarissimorum lusitaniae principum Alphonsi ac Helisabetha, Salamanca, s. n., 1491. [Contiene 22 poemas latinos editados por Vivanco].

Diccionario latín-español, Salamanca, s. n., 1492. Edición facsímil: A. Colón y A. J. Soberanas, Barcelona, Puvill, 1979.

Diccionario español-latín, Salamanca, s. n., ¿1495? [edición aumentada en más de diez mil vocablos: anunciada en la portada de la de Burgos, 1512, y publicada en Salamanca, 1513]. Edición moderna: G. J. MacDonald, Madrid, Castalia, 1973, 1981 [a partir del Vocabulario del romance en latín, Sevilla, 1516]. Edición facsímil: Madrid, Real Academia Española, 1951; Madrid, Arco/Libros, 1989.

Elegancias romancadas (sic), Burgos, Fadrique de Basilea, ¿1495? [Nebrija edita a Stephanus Fliscus de Soncino].

Vafre dicta philosophorum ex Diogene Laertio, Salamanca, ¿1496? [Nebrija edita a Diógenes Laertius].

In Aurelio Prudentio, Salamanca, Juan de Porras, ¿1500? [comentario crítico a Prudencio]. Edición moderna y traducción.: F. González Vega, Salamanca, Universidad, 2002.

Diccionario español-latín; latín–español, Sevilla, Estanislao Polono & Jacobo Kromberger 1503.

In Aulo Persio satyrae, Sevilla, Estanislao Polono & Jacobo Kromberger, 1503 [comentario crítico a Persio]. Edición Moderna: edición y estudio de Milagros del Amo, Murcia, Editum, 2000.

Aenigmata iuris civilis, Salamanca, ¿Juan de Porras?, 1506 [obra de carácter enciclopédico que contiene diferentes trabajos sobre el léxico del derecho]. Ediciones modernas del Iuris civilis Lexicon: traducción de Carlos Humberto Núñez, Madrid, CSIC, 1944; J. Perona, Salamanca, Universidad, 2000. Edición moderna del vocabulario Latina vocabula ex iure civili in voces hispanienses interpretata: José Perona, «Un diccionario en los albores del siglo XVI: Latina vocabula ex iure civili in voces hispanienses interpretata de Elio Antonio de Nebrija. Edición, estudios y notas», Cahiers de Linguistique Hispanique Médiévale, 13 (1988), pp. 5-34 [edición facsímil de la de 1527]. Sin indicación de fecha ni de autor, es el denominado por Perona Novae Iuris Civilis Dictiones, que, atribuyéndolo a Nebrija, editó y estudió en Estudios Románicos, V, 1987-1989, II, pp. 1109-1136.

Repetitio tertia [De peregrinarum dictionum accentu], Salamanca, s. n., 1506.

Apologia, Logroño, Arnao Guillén de Brocar, 1507.

De litteris graecis, Logroño, Arnao Guillén de Brocar, 1507.

Diccionario latín-catalán y catalán-latín, Barcelona, Carles Amorós, 1507. Edición moderna: G. Colón y A. J. Soberanas, Barcelona, Puvill, 1987 [confeccionado por Gabriel Busa].

Repetitio quarta [De etymologia dictionis], leída en 1507.

Repetitio quinta [De analogia hoc est de proportione], leída en 1508.

Oppidorum nomina, París, Rénauld Chaudière, ¿1510? [Diccionario geográfico].

Repetitio sexta [De mensuris], Salamanca, s. n., ¿1510? Edición mixta: introducción, traducción y notas de Jenaro Costas Rodríguez, Salamanca, Universidad, 1981.

Obras de Pedro Mártir de Anglería, Sevilla, Jacobo Kromberger, 1511 [Nebrija edita a P. Mártir]. Edición y traducción del Comentario al poema «In ianum» de Pedro Mártir de Anglería a cargo de C. Codoñer, Salamanca, Universidad, 1992.  Edición facsímil: Alicante, Rembrandt, 1984.

Carmina ex diversibus auctoribus, Burgos, Fadrique de Basilea, ¿1512? [edición de poemas de varios autores a cargo de Nebrija].

Opuscula antiquitatis, Burgos, Fadrique de Basilea, 1512 [edición de diferentes obras de la Antigüedad a cargo de Nebrija].

Cinco anotaciones a la Sagrada Escritura, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, ¿1513?

Proverbia Salomonis, Burgos, Fadrique de Basilea, 1513.

Repetitio novena [De accentu latino aut latinitate Donato], Alcalá, s. n., 1513.

Libri minores, Burgos, Fadrique de Basilea, 1514 [edición de diferentes obras clásicas a cargo de Nebrija. Edición moderna: edición literaria y traducción de Marco Antonio Gutiérrez Galindo, Salamanca, Universidad, 2009].

De literis hebraicis cum quibusdam annotationibus in scripturam sacram, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, ¿1515?

Artis rhetoricae compendiosa coaptatio ex Aristotele, Cicerone & Quintiliano, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, 1515. Edición Moderna: introducción, edición crítica y traducción de Juan Lorenzo, Salamanca, Universidad, 2007.  

Ciceronis Orationes, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, 1515 [edición de discursos ciceronianos a cargo de Nebrija].

Sancturale, Alcalá,  Arnao Guillén de Brocar, 1516 [edición de vidas de santos a cargo de Nebrija].

Segmenta ex epistolis Pauli, Petri, Iacobi et Ioannis, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, 1516 [edición de epístolas de Pablo, Pedro, Santiago y Juan a cargo de Nebrija].

Tabla de la diversidad de los días y horas, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, ¿1516-1517? Edición moderna: Fundación Antonio de Nebrija, 2001.

Reglas de ortographía en la lengua castellana, Alcalá, Arnao Guillén de Brocar, 1517. Ediciones modernas: González Llubera, Londres, Oxford University Press, 1926; A. Quilis, Bogotá, Instituto Caro y Cuervo, 1977. Edición facsímil: A. Roldán y A. Esteve, Murcia, 1992.

Diccionario latín-francés, París, Rénauld Chaudière, 1519 [se desconoce el nombre del editor].

Diccionario latín-siciliano-español, Venecia, Bernardino Benalio, 1520 [editado por Cristóbal de Escobar].

Comedias de Terencio, Zaragoza, Jorge Coci, 1524 [edición de Terencio a cargo de Nebrija].

Homiliae diversorum doctorum, Alcalá, Miguel de Eguía, 1526 [edición, a cargo de Nebrija, de homilías cantadas los domingos].

Repetitiones séptima [De ponderibus], sexta [De mensuris] y octava [De numeris], Alcalá, Miguel de Eguía, 1527 [leídas en 1511, 1510 y 1512, respectivamente].

Dictionarium medicum, Amberes, 1545. Edición moderna: Dictionarium medicum: el diccionario médico de Elio Antonio de Nebrija, introducción, edición y glosario de Avelina Carrera de la Red, Salamanca, Universidad, 2001.

Rerum a Fernando & Elisabe Hispaniarum felicissimis Regibus gestarum Decades duas; necnon belli Nauariensis libros duos, Granada, Sancho de Nebrija, 1545 [Nebrija tradujo al latín la Crónica de los Reyes Católicos de Pérez del Pulgar y La conquista del Reino de Navarra de Luis de Correa añadiendo pasajes originales]. Edición moderna de la Guerra de Granada a cargo de M.ª Luisa Arribas, Madrid, UNED, 1990; Cerco al reino de Granada, edición y transcripción del texto latino, introducción y traducción de Matilde Conde Salazar, Madrid, UNED, 1992. Edición moderna de la Historia de la guerra de Navarra, con traducción de José López del Toro, Madrid, 1953.

Églogas y Geórgicas de Virgilio, Granada, Sancho de Nebrija, 1545-46 [edición de las obras del mantuano a cargo de Nebrija].

Eneida de Virgilio, Granada, Sancho de Nebrija, 1545-46 [edición de la obra del mantuano a cargo de Nebrija].