Si bien, como acabamos de ver, su situación se había degradado a partir de 1499, la muerte de la reina, el 26 de noviembre de 1504, marcó una nueva etapa en el camino hacia el proceso inquisitorial que iba a amargar los últimos años de su vida. En efecto, la muerte de la reina supuso la desgracia de varios de sus allegados, entre los cuales el propio Hernando de Talavera, cuyas dificultades no se pueden entender sin tener en cuenta la oposición, en la Corte, entre los partidarios de Isabel y los de Fernando, y la victoria de estos últimos después de la muerte de la soberana. Ahora bien, el bando del rey contaba entre sus rangos a varios enemigos de Talavera, entre los cuales el mismo soberano que no había soportado el rigor y los reproches del antiguo confesor y el inquisidor Diego Rodríguez de Lucero, cuya acción en Córdoba había sido aprobada por Fernando a pesar de suscitar oposición y escándalo por su dureza. Así, como lo escribe Francisco Márquez Villanueva:

La actividad inquisitorial contra fray Hernando no es solo, como se ha venido creyendo hasta hace muy poco, la más atrevida fechoría del luciferino inquisidor de Córdoba. Por encima de él se encontraba el inquisidor general fr. Diego de Deza, y sobre éste, a su vez, el rey don Fernando. De ambos existen pruebas más que suficientes para creer que actuaban de acuerdo.^[104]

De hecho, si bien fue Lucero quien emprendió el proceso, acusando de herejía no solo al arzobispo sino también a varios de sus familiares y amigos, fue el rey quien pidió a su embajador en Roma que consiguiera la autorización papal necesaria para prender a Talavera, en su calidad de arzobispo. Obtuvo la autorización, pero, mientras tanto, los amigos de Talavera empezaron a actuar a favor del arzobispo escribiendo al Papa,^[105] el cual suspendió el auto de prisión mientras confiaba el examen del caso al obispo de Burgos, don Juan Pascual de la Fuente. Tampoco hay que olvidar la influencia de los asuntos políticos internos sobre todas estas gestiones. Así, según M. J. Vega García Ferrer:

Es más que probable pensar que el arzobispo apoyara a la hija de doña Isabel y a su marido [en sus reivindicaciones para obtener el Trono de Castilla contra Fernando]. Cuando Felipe y Juana vuelven de Flandes, dispuestos a defender su derecho de sucesión al Trono de Castilla, apoyados por muchos y muy poderosos partidarios, Fernando marcha a Aragón para preparar un viaje a Italia. Felipe destituye a Diego de Deza y retiene las cartas del Papa en que autorizaba la prisión de fray Hernando. Lucero cae en desgracia y es enviado a Burgos.^[106]

Sin embargo, después de la muerte inesperada de Felipe el Hermoso, Fernando repuso a Deza y Lucero en sus respectivos sitios, pero, en aquel entonces, el Papa ya se había hecho cargo del proceso y, en abril de 1507, declaró inocente a Talavera. Murió éste el 14 de mayo de 1507, probablemente de peste sin que se sepa si logró enterarse del fracaso del proceso intentado contra él.^[107] Tenía entonces aproximadamente 80 años.

Si confiamos en lo que nos dice José de Sigüenza, la actividad de Talavera en este mundo no cesó con su muerte, pues apenas lo habían enterrado cuando:

comenzó luego nuestro Señor a obrar por la intercesión de su siervo muchos milagros, para que fuesen sellos evidentes de su fidelidad [...]. Sanaron luego muchos cojos, ciegos, sordos, mudos, mancos, apestados. Sintieron también su socorro los que estaban peleando en medio de las tormentas y olas del mar y otras maravillas semejantes [...]. Hiciéronse de estos milagros testimonios e instrumentos jurídicos y auténticos en la ciudad de Granada por la eclesiástica justicia y por la secular, en que con mucho número de testigos jurados se probaron y confirmaron bastantísimamente.^[108]

El mismo Sigüenza dice tener tres de estos documentos, y puede que sea uno de ellos el documento estudiado y transcrito por Rafael Marín López, en el cual, según dice:

La descripción, en algunos casos detallada, que realizan los supuestos sanados y los testigos, aporta también una visión, interesante, del ambiente de la ciudad en los días que murió y fue enterrado fray Hernando. El impacto popular de su muerte y un cierto «comercio» que de ella y de sus restos se hizo, son fácilmente deducibles de los documentos que presentamos.^[109]

De hecho, el documento presentado consta de varios testimonios de granadinos que afirman haber salido ilesos de varias enfermedades en los días inmediatamente posteriores a la muerte de Talavera, gracias a su intercesión. No importa tanto saber si estos documentos son, o no, dignos de fe: lo interesante, en cambio, es que permiten constatar hasta qué punto el primer arzobispo de Granada seguía siendo, en opinión de sus fieles, un modelo de virtud y de santidad y, sin duda, una personalidad relevante en la ciudad. Sin embargo, la voluntad de dejar constancia de los presuntos milagros ocurridos gracias a la intercesión de Talavera tan rápidamente después de su muerte también se relaciona, en mi opinión, con el contexto de su fallecimiento: la proclamación de la capacidad taumatúrgica del arzobispo era como el último acto de sus partidarios en su defensa, y un argumento de peso para que la Inquisición no tuviera la última palabra.